Das Universitätsklinikum Jena will talentierten Nachwuchswissenschaftlern auf allen Stufen einer wissenschaftlichen Karriere eine Perspektive in der Forschung bieten. Die Medizinische Fakultät bietet in ihrem Interdisziplinären Zentrum für Klinische Forschung sowohl für junge Ärzte und Ärztinnen (Clinician Scientists), als auch für den Nachwuchs in den medizinnahen Lebenswissenschaften (Medical Scientists) aufeinander abgestimmte Förderprogramme für alle Karrierestufen von der Promotion bis zur Habilitation.

Schon im Medizinstudium können interessierte Studierende die Linie Forschungsorientierte Medizin wählen. Die Masterstudiengänge Molecular Medicine und Medical Photonics können von Medizinern auch als Aufbaustudiengang absolviert werden und ermöglichen eine naturwissenschaftliche Promotion.

Neben der finanziellen Unterstützung durch Förderstipendien umfasst die Unterstützung für Promovenden auch ein strukturiertes Graduiertenprogramm, das allen  Promovenden der Fakultät offen steht und  zur Jena School of Molecular Medicine gehört, einer Graduiertenschule unter dem Dach der Graduiertenakademie der Friedrich-Schiller-Universität.