Die Instrumente zur Förderung des medizinisch-wissenschaftlichen Nachwuchses sind insbesondere:

*Promotionsstipendien
*Juniorprojekte
*Rotationsstellen
*Frauenförderung (neu seit 2016).

Der Sinn des Graduierten-Progamms Experimentelle Medizin ist, dem Doktoranden eine umfassende Weiterbildung und bestmögliche Förderung ihrer Projekte zu ermöglichen. Dazu dient beispielsweise, nicht nur einen Betreuer (Doktorvater) zu haben, sondern auch einen Ko-Betreuer, der noch andere Aspekte in das Projekt einbringen kann.

Das IZKF lädt seit 2010 jedes Jahr junge Nachwuchswissenschaftler aus der ganzen Welt ein, um an der Summer School Molecular Medicine teilzunehmen. Hier wird die einzigartige Möglichkeit gegeben, sich mit den Forschungsthemen der Molekularen Medizin in Jena vertraut zu machen und moderne Labortechniken zu erlernen.