Die Forschung ist zusammen mit der Lehre die identitätsbildende Aufgabe der Universitätsmedizin.
Die Wissenschaftler in den Kliniken und Instituten an der Medizinischen Fakultät betreiben sowohl biomedizinische Grundlagenforschung als auch patientenbezogene klinische Forschung. Dabei haben sich Schwerpunkte herausgebildet, die durch das Interdisziplinäre Zentrum für Klinische Forschung der Fakultät gefördert oder durch öffentliche Förderprogramme und Industriefördergelder unterstützt werden. Einen detaillierten Überblick über die Forschungsprojekte gibt der Forschungsbericht der Medizinischen Fakultät.
Durch eine gezielte Berufungspolitik und zentrale Struktureinheiten wird dieses Profil gestärkt. Die Fakultät unterstützt ihre Forscher über verschiedene Förderprogramme.
Mit den Wissenschaftlern an den anderen Fakultäten der Friedrich-Schiller-Universität, den außeruniversitären Instituten und den Biotechnologiefirmen in der Region gibt es fruchtbare Forschungskooperationen.
