Die Urologische Universitätsklinik Jena erlangte 1997, 2002, 2008 und zuletzt im Jahr 2013 die europäische Zertifizierung „European Certificate Center“. Im Auftrag des European Board of Urology (EBU) erfolgte hierbei die Evaluierung durch eine Kommission von Professoren aus ganz Europa. Die Klinik ist damit zugleich EBU-zertifiziertes Ausbildungszentrum für Urologen.