Die Urologische Universitätsklinik Jena erlangte 1997 die europäische Zertifizierung „European Certificate Center“ mit regelmäßigen Rezertifizierungen, zuletzt im Jahr 2019. Im Auftrag des European Board of Urology (EBU) erfolgte hierbei die Evaluierung durch eine Kommission von Professoren aus ganz Europa. Die Klinik ist damit zugleich EBU-zertifiziertes Ausbildungszentrum für Urologen.
Qualität
Die Zertifizierung der Klinik und Poliklinik für Urologie nach den Kriterien des Qualitätsmanagementsystems der DIN EN ISO 9001 erfolgte erstmals im Jahr 2008 (erfolgreiche Rezertifizierung in 2018).
Die Zertifizierung der Klinik und Poliklinik für Urologie als Prostatakarzinomzentrum erfolgte erstmals im Jahr 2010 (erfolgreiche Rezertifizierung in 2018).