Die Core-Unit MRT-Methodik unter der Leitung von Prof. Dr. Jürgen R. Reichenbach unterstützt die Forscher am Forschungs-MRT des Universitätsklinikum Jena bei der Planung, Durchführung und Nachbereitung von Forschungsprojekten. Die Core-Unit hat die Aufgabe, eine reibungslose Funktion der IT-Infrastruktur für den Transfer und die Speicherung der entsprechenden MRT-Daten zu gewährleisten, aber auch komplexe technische Lösungen für Forschungsfragen zu integrieren und deren Wartung sicherzustellen. Zu diesen technischen Lösungen gehören unter anderem kombiniertes EEG/fMRT, spezielles fMRT-Equipment sowie nicht standardisierte Stimulations- und Monitoring-Einheiten. Die Core-Unit stellt den Nutzern ebenfalls spezielles Fachwissen für die automatisierte Verarbeitung der akquirierten Daten, z.B. in Form von Skripten, zur Verfügung. Darüber hinaus übernimmt die Core-Unit MRT-Methodik weitere organisatorische Aufgaben, wie beispielsweise Messzeitplanung, Anmeldung von Forschungsprojekten, und die Dokumentation der Messungen.