Professor der Systembiology der Sepsis
Integriertes Forschungs- und Behandlungszentrum (IFB) Sepsis und Sepsisfolgen
Center for Sepsis Control and Care (CSCC)
Universitätsklinikum Jena | Am Klinikum 1 | 07747 Jena | Deutschland
Tel: +49 3641 532 1189
Fax: +49 3641 532 0800
Hauptforschungsgebiete
Mustererkennung von Netzwerken, Identifizieren Alternativen Spleißens mittels RNA Sequenzierungsdaten, Erkennen von Wirkstoff-Targets in metabolischen Netzwerken, Flux-Balance-Analyse, regulatorische Netzwerkanalyse
Wissenschaftlicher Werdegang
| Seit März 2013 | Professur am Universitätsklinikum Jena, Leiter der Bioinformatikgruppe Systembiologie der Sepsis / König-Lab |
| Feb 07 – März 13 | Forschungsgruppenleiter am Institut für Pharmazie und Molekulare Biotechnologie, Universität Heidelberg |
| Dez 04 – Feb 07 | Wiss. Mitarbeiter an der Universität Heidelberg unter Prof. Dr. Roland Eils, Institut für Pharmazie und Molekulare Biotechnologie, Universität Heidelberg |
| Jan 2000 - Dez 04 | Wiss. Mitarbeiter der Theoretischen Bioinformatik, Deutsches Krebsforschungszentrum Heidelberg |
| Sep 99 – Jan 2000 | Lehrer am Bunsen-Gymnasium Heidelberg, Fächer: Mathematik und Physik |
Ausbildung
| Dez 96 – Sep 99 | Doktorand, Universität Heidelberg und EMBL |
| 1989 – 1996 | Studium in Physik und Mathematik an denr Universitäten Freiburg, Sussex (Großbritannien) und Heidelberg |
| 1993 | Bachelor Abschlussprojekt, Titel: “Deep Level Transient Spectroscopy” an der Universität von Sussex, Großbritannien |
Akademische Abschlüsse
| Juni 2010 | Habilitation in Bioinformatik an der Fakultät für Biowissenschaften, Universität Heidelberg |
| 1999 | Dr. sc. hum. in Biochemie, Medizinische Fakultät, Universität Heidelberg |
| 1997 | Staatsexamen in Mathematik und Physik, Universität Heidelberg |
| 1996 | Diplom in Physik, Universität Heidelberg |
Fünf ausgewählte Publikationen
- Aschoff, M., Hotz-Wagenblatt, A., Glatting, K.H., Fischer, M., Eils, R. & König, R., SplicingCompass: differential splicing detection using RNA-Seq sequencing data (2013). Bioinformatics, 29, 1141.
- Kranz, A.L., Eils, R., König, R. (2011). Enhancers regulate progression of development in mammalian cells, Nucleic Acids Res., 39, 8689-702.
- Bauer T, Eils R, König R. (2011). RIP: the regulatory interaction predictor - a machine learning-based approach for predicting target genes of transcription factors, Bioinformatics, 27, 2239-47.
- Schramm, G., Wiesberg, S., Diessl, N., Kranz, A.L., Sagulenko, V., Oswald, M., Reinelt, G., Westermann, F., Eils, R. & König, R. (2010). PathWave: Discovering patterns of differentially regulated enzymes in metabolic pathways, Bioinformatics, 26, 1225-31.
- Lewis, N., Schramm, G., Bordbar, A.,Schellenberger, J., Andersen, M., Cheng, J., Patel, M., Yee, A., Lewis, R., Eils, R., König, R., Palsson, B. (2010). Formulating multi-cellular models of metabolism in tissues: application to energy metabolism in the human brain, Nat. Biotechnology, 28, 1279.