Das Klinikum ist derzeit auf mehrere Standorte im gesamten Stadtgebiet verteilt, wobei sich die meisten Kliniken bereits im Klinikneubau am Standort Lobeda befinden. Wenn alle neuen Gebäude bezogen sind, werden die Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie und die Klinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie, Psychosomatik und Psychotherapie die einzigen Bereiche mit stationärer Krankenversorgung sein, die an ihrem Standort in der Jenaer Innenstadt verbleiben.

Zur Ausbildung der 2.400 Studierenden der Humanmedizin, Zahnmedizin und im Masterstudiengang Molekulare Medizin stehen eine Reihe von Laboren, Seminarräumen und Hörsälen zur Verfügung. In Lobeda befindet sich die Medizinische Fachbibliothek mit Platz für 111.000 Bände. Im SkillsLab können die angehenden Ärzte praktische Fertigkeiten trainieren.

Die Großküche des Klinikums stellt für Patienten und Mitarbeiter täglich 5.500 Essensportionen bereit, dafür werden pro Tag zwei Tonnen Lebensmittel verarbeitet, darunter 1.000 Brötchen, 300 Kilo Kartoffeln und 160 Kilogramm Äpfel. Täglich werden bis zu 8 Tonnen Wäsche ins Klinikum geliefert oder verlassen dieses wieder in Richtung Wäscherei. Zum Transport all der Güter, der Speisen und auch zur Abfallentsorgung legen allein im Neubau die dort eingesetzten 24 Transportroboter täglich etwa 280 Kilometer zurück.